Nach dem Bauhafen der Werft, dem heutigen Arsenalhafen, ist der ehemalige Ausrüstungshafen der älteste Teil der Wilhelmshavener Häfen. Von Mitte der 70er-Jahre des 19. Jahrhunderts, im Zuge des zweiten Bauabschnitts, wurde der von der (alten) Hafeneinfahrt (die nach dem Bau der 3. Einfahrt in 2. Einfahrt umbenannt wurde) zum Bauhafen der Werft führende Kanal zum Ausrüstungshafen ausgebaut. Dabei wurde die Wasserstraße zum Norden hin um rund 100 Meter verbreitert.
Südlich der Moltkestraße entstand die rund 400 Meter lange Ausrüstungspier mit zuletzt 6 Schiffskammern, Gleisanlagen und Kranschienen.
An der dem Ausrüstungshafen zugewandten Pier der durch den Bau der Neuen (der späteren 1.) Einfahrt entstandenen Schleuseninsel (die in der 3. Hafenbauphase in Hafen- und Schleuseninsel geteilt wurde) wurde Kohlenmagazine und entsprechende Ladebrücken gebaut.
Während der 3. Bauphase ab 1898 wurde am östlichen Ende der Ausrüstungspier der Nordhafen angelegt. Mit einer Länge von etwa 400 Metern erstreckte er sich zum Norden hin entlang dem Kasernement der Werftdivison und Hafenkaserne.
Zusätzlich entstand der im Volksmund "Holzmanns Kuhle" entstandene Betriebshafen. Mit einem Tiefgang von nur 3,5m war er Liegeplatz von kleinen Hafenbetriebs- und Baufahrzeugen.