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Abgesehen vom Erwerb des Jadegebiets durch Preußen vom Großherzogtum Oldenburg und der offiziellen Übergabe im November 1854 beginnt die eigentliche Geschichte der Werft mit der Genehmigung des Königs Friedrich Wilhelm IV. zur Errichtung von Werkstätten und Magazinen im Jadegebiet am 25.06.1856 und dem Hafenbauentwurf des Geheimrats Hagen.
Der Hagen-Plan wurde zwar im Wesentlichen verwirklicht, erfuhr aber bezüglich der Werftanlagen auch bedeutende Veränderungen: den Vorgaben entsprechend plante Hagen lediglich einen Ausrüstungs- und Reparaturplatz, wobei er weitsichtig genug war, ausreichend Fläche für Docks, Hellinge und weiteren Werkstätten vorzuhalten. Tatsächlich überlegte Preußen verstärkt, Kriegsschiffe selbst zu bauen und zu diesem Zweck neben der Königlichen Werft Danzig weitere staatseigene Werftbetriebe zu errichten.
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Am 17.06.1869 schließlich weihte König Wilhelm I. die Hafenanlage ein.
Am 19.05.1870 erhielt die Werft in Person des Korvettenkapitän Przewisinski ihren ersten Oberwerftdirektor. Im selben Jahr begann der Bau von Werkstätten. Bedingt durch den Flottengründungsplan von 1863 und dessen Ergänzungen im Jahre 1867 wurde mit Allerhöchster Cabinets Ordre vom 11.04.1871 die Erweiterung der Werftanlagen befohlen
1884 wurde aufgrund der ständigen Weiterentwicklung der Torpedowaffe und zum gezielten Aufbau einer solchen ein eigenständiges Ressort aufgestellt. Für dieses Ressort entstand, den speziellen Anforderungen dieser noch jungen Spezialwaffe Rechnung tragend, am Südufer des heutigen Verbindungshafens ein Werftbetrieb mit eigenen Schiffbau- und Maschinenbaueinrichtungen.