Ab 1875 begann mit der 1. Hafenausbaustufe die Arbeiten am "Neuer Hafen", einem Hafenbecken, das sich vom Ausrüstungshafen ausgehend nach Süden und Südwesten erstreckte.
Im nördlichen Teil entstanden so der Nordwest- und der Nordostkai, im Anschluss daran und westlich der ebenfalls neu gebauten "Neuen Einfahrt" (später 1. Einfahrt) ein Abschnitt mit dem sich zwischen Oldenburger Straße (heute Ahrstraße) und Königstraße (heute Ebertstraße) erstreckenden "Südwestkai" sowie im südlichen Teil des Hafens jenes Gebiet, auf welchem Ende der 1870er-Jahre die (Alte) Torpedowerft erbaut wurde.
Vor allem der Südwestkai diente als Anlegestelle kleiner Handelsschiffe, u.a. von flachgehenden Platt-bodenschiffen, die über den Ems-Jade-Kanal Baumaterial lieferten.
Der etwa 9m tiefe Hafen endete in Höhe Kronprinzenstraße (heute Moselstraße) an einer Schleuse zum sich bis zur Fertigstellung des "Großen Hafens" während der 2. Ausbaustufe bis dorthin entlanglaufenden Jade-Ems-Kanals.
Die massive Aufrüstung der Torpedobootsflotte ab Mitte der 1880er-Jahre und der 1895 begonnene Versuch, eine Wilhelmshavener Hochseefischerei aufzubauen, veränderten den Hafen erheblich. Nicht mehr gemütliche kleine Frachtsegler bestimmten das Bild, sondern "Schwarze Gesellen" und Fischerboote, die mit Genehmigung der Marine ihre Liegeplätze am Südwestkai hatten. Die Wilhelmshavener Fischerei-gesellschaft mbH errichtete am Kai zudem Lagerschuppen, eine Ausbesserungswerkstätten, eine Räucherei sowie eine Brat- und Marinierstätte.
Die Gesellschaft gab ihre Geschäfte bereits 1906 wieder auf bzw. verlegte ihre Tätigkeit nach Geestemünde. Ihre Anlagen wurden aber schon bald wieder genutzt. Im Krieg gingen von der Marine an die "Freiwillige Kriegshilfe" abgetretene Prisendampfer auf Fischfang, der in den bestehenden Anlagen verarbeitet und unter Aufsicht des Marine-Fischamtes verteilt wurde.
Mit dem Bau des "Großen Hafen" im Zuge des Dritten Hafenbauabschnitts verschwand die kleine Kanalschleuse, der Torpedobootshafen war ab nun gleichzeitig Verbindungshafen zwischen den See-schleusen und eben dem Großen Hafen.
Nach Ende des Zweiten Weltkrieges endete zwar der Betrieb der Torpedowerft, die Gebäude blieben aber weitestgehend erhalten. Hier siedelten sich zunächst diverse Betriebe an, ehe sich dort mit der beginnen-den Wiederbewaffnung und dem damit verbundenen Aufbau der Bundesmarine und des Marinearsenals erste provisorische Werkstätten und das Marine-Stützpunktkommando ansiedelten. Die alten Anleger nutzten vor allem städtische Ausflugsdampfer. Seit der vollständigen Wiederherrichtung der ehemaligen Kriegsmarinewerft zum Marinearsenal und dem Umzug des Stützpunktkommandos zur 4. Einfahrt 1968 befinden sich dort Werkstätten und der Tonnenhof des Wasserstraßen- und Schifffahrtsamtes, zudem seit 1998 das Deutsche Marinemuseum. Das Museumsschiff Zerstörer "Mölders" beherrscht nun den Hafen.
Am Südwestkai machen nur noch selten Schiffe fest. Die Fläche liegt größtenteils brach mit Ausnahme einer großen Halle des Tiefkühllogistikers "Nordfrost".
Blick vom Westen über die Kaiser-Wilhelm-Brücke in den ehemaligen Torpedobootshafen.
An einem Anleger der ehemaligen Torpedowerft liegt der städtische Bäderdampfer "Rüstringen"
Blick Richtung Westen:
Links die demontierte Alte Torpedowerft, rechts der Südwestkai, am oberen Bildrand die Kaiser-Wilhelm-Brücke.